10月21日，交通运输部发布《关于开展清理和规范海运附加费收费专项督查的通知》。通知中表示，为落实国务院有关清理规范进出口环节收费要求，切实解决部分货主反映属实的不合理收费问题，交通运输部决定开展清理和规范班轮公司海运附加费收费专项督查。
通知中要求，班轮公司不得违反《国际海运条例》规定的运价备案要求，出现实际执行运价与备案价格不一致或未备案的情况；班轮公司不得违反诚实信用原则巧设名目，就无实质服务内容的事项收取费用；班轮公司不得长期、固化、只升不降地收取临时性的海运附加费，如战争附加费、紧急燃油附加费等，应根据相关情况或条件的变化及时调整或取消相应附加费；班轮公司不得哄抬价格，在成本没有发生明显变化前提下，推动附加费价格过快、过高上涨，如铅封费等项目；班轮公司不得利用垄断地位指定服务、强制服务并收费；鼓励班轮公司合理调整海运费价格结构，将有关海运附加费纳入海运运费，采用all-in方式收取。
而据《航运交易公报》了解，目前交通运输部正组织人员在沿海口岸就海运附加费的规范问题进行检查。
发改委检查，船公司主动降低海运附加费
8月26日召开的国务院常务会议，提出部署进一步清理和规范进出口环节收费，为企业发展减负；9月，国家发改委对浙江宁波大港引航有限公司多收引航费等四起港口航运环节乱收费案件予以公布。
在政府明确规范航运收费的执法态度后，10月12日，国家发展改革委在官网上发布消息称，日本川崎汽船，韩国韩进海运、现代商船，台湾长荣海运、万海航运、阳明海运以及中海集运等多家船公司相继致函国家发展改革委，主动提出规范海运附加费收费行为的具体措施。
一是取消部分附加费项目。长荣海运、现代商船取消每票150-200元的人工制单费；现代商船取消每集装箱250-500元的青岛港码头附加费；万海航运取消每票550元的电放取消费、每票500元的第三地领单费、每票300-600元的提单保管费；阳明海运暂停收取每票100元的seaway附加费。
二是降低单证费、电放费。对于货主每票货物都需缴纳的单证费，长荣海运、万海航运、阳明海运从现有的每票500元降至450元。对于货主提出电放要求后收取的电放费，从现有的每票500-550元，分别降至长荣海运每票300元、川崎汽船每票150元、现代商船每票200元、万海航运每票350元，韩进海运每票350元，中海集运每票200元，阳明海运每票450元。
三是降低其他附加费标准。川崎汽船改单费从每票450元降至200元、第三地签单费从每票400元降至150元、船证费从每套300元降至50元；现代商船改单费从每票400元降至200元、第三地签单费从每票300元降至200元、船证费从每套300元降至200元；长荣海运船证费从每套300元降至200元；韩进海运改单费、提单重签费从每票450元降至350元，提单晚签费从每票450元降至200元，船证费从每票200元降至100元；万海航运改单费从每票500元降至350元；阳明海运改单费从每票500元降至450元。
四是简化合并收费项目。长荣海运将原有11项附加费合并为6项，其中，提单重做费、提单更改费、推迟提交资料费、运费更改费4项合一，收费标准从每票500元降至400元，第三地领单费和第三地签单费合并，收费标准从每票700元降至500元。
上述调价通知各公司已陆续发布，最晚将于10月15日实施。相关措施生效后，将有效缓解附加费收费不合理问题。
国家发展改革委要求，船公司要根据成本和市场变化情况，合理确定收费标准，依法合规开展经营。下一步将密切跟踪有关公司收费情况，进一步规范收费明码标价，努力构建长效监管机制。
5月，交通部要求清理整顿THC备案
此前的5月26日，交通运输部在官网上发布2015年第2号通告《关于清理整顿国际海运附加费报备相关事宜的通告》。
《通告》中表示，根据《中华人民共和国国际海运条例》和《交通运输部关于国际集装箱班轮运价精细化报备实施办法的公告》（2013年第64号），国际集装箱班轮运输经营者（以下简称班轮公司）应向交通运输部指定的运价备案受理机构（上海航运交易所）报备海运运价和包括码头作业费（THC）在内的海运相关附加费。
经了解，部分班轮公司未经运价报备或未按报备的运价实施调涨了THC费率，影响了国际海运市场的公平竞争。为加强监管，维护市场秩序，重点规范涉及THC备案的相关行为，《通告》要求各班轮公司应该展开清理整顿。各班轮公司对各自征收的THC情况进行自查，未完成备案程序或未按报备价格执行的一律恢复到调涨前的备案价格。自《通告》发布之日起至2015年6月30日，各班轮公司根据自查情况，按照本通告要求向上海航运交易所办理THC备案。备案材料不符合要求的，上海航运交易所应向班轮公司作出明确说明。
《通告》还对各班轮公司的THC报备提出了具体要求。即，按交通运输部规定的格式进行备案；提供与港口码头装卸包干费（以国家发展改革委、交通运输部关于外贸费收规定的相关项目为准）相匹配、成本项目明确、调涨依据充分、幅度合理的证明材料，包括拟调涨THC前后与港口经营人签订的码头装卸作业协议；原则上各港口THC调整应分别计算备案，如按片区为单位统一标准调整，需提供片区内各港口费率调整的依据，及统一计算的方法；提交决定调涨THC后与收费对象沟通协商的证明材料；THC等海运附加费仅用于弥补增加的额外成本，在收取的情形和条件不复存在时，应及时予以撤销或下调，撤销或下调THC备案无需提交证明材料。
《通告》明确，交通运输部将对THC报备清理整顿情况进行跟踪检查，对检查中发现的未按规定要求备案擅自征收THC等国际海运附加费或未执行备案费率的行为，将按有关规定予以严肃处理。目前，据《航运交易公报》了解，交通运输部已经对部分不符合备案要求的班轮公司发出整改通知书。
从今年国家部委的相关举措来看，对进出口环节收费问题的清理和规范并非仅仅是将目标定为清理和规范船公司费收问题。实际上，一方面在给船公司费收带好“紧箍咒”的同时，另一方面，国家各部委也在通过清理和规范行政事业性收费、港口收费等其他环节的费收为船公司“减负”。最终目的是清理和规范整条进出口链条的费收，利好整个贸易市场。
大幅压缩和减少行政事业性收费
交通运输部在会同国家发展改革委、财政部开展调研的基础上，研究提出了取消有关水运涉企行政事业性收费的建议措施。今年8月17日，财政部会同国家发展改革委印发通知，明确这些措施10月1日起实施。
据测算，取消船舶港务费，每年将减轻企业负担54亿元；取消特种船舶和水上水下工程护航费，每年减负4800万元；规范简化合并船舶登记费，取消船舶登记费中的临时登记费、烟囱标志或公司旗注册费、船籍港变更费、国籍证书费和废钢船登记费等5项，每年减负300万元。
目前，涉及交通运输部职责的中央行政事业性收费只保留了4项。这四项中，长江干线引航费、船舶及船用产品设施检验费、船舶登记费等三项是体现国家主权、按照国际惯例和对等原则收取的行政事业性收费；考试考务费是向特定服务对象收取的费用。
取消和规范港口部分收费
2014年11月22日，交通运输部会同国家发展改革委联合印发了《关于开放港口竞争性服务收费有关问题的通知》，简化、合并港口收费项目，把内外贸集装箱、散杂货装卸作业费等劳务性收费综合起来，计入港口作业包干费，实行市场调节。
今年7月23日，交通运输部又与国家发展改革委联合印发了《关于调整港口船舶使费和港口设施保安费有关问题的通知》。取消现行收取的靠垫费，以及引航费中的引航员滞留费和引航计划变更费，将系解缆费、开关舱费并入停泊费收取。同时，我国将改进船舶使费计费办法。如航行国际航线船舶引航费起码计费吨由500净吨提高到2000净吨，40001~80000净吨部分、超过80000净吨部分收费标准（引航距离在10海里以内）分别降低到每净吨0.45元、0.425元。此外，港口设施保安费收费也减半征收，如对外贸进出口20英尺（注：1英尺=0.3048米）、40英尺重箱的港口设施保安费收费标准分别降低到每箱10元、15元，其他货物收费标准降低到每吨0.25元。按照通知要求，这部分费用实行政府指导价和上限管理，并减半征收港口设施保安费，预计每年可减轻企业负担10亿元。
8月21日，交通运输部配合国家发展改革委、财政部联合印发了《关于建立长江沿线涉及航运企业收费目录清单制度等问题的通知》，规范长江沿线各港口收费管理，切实减轻企业负担。
