卡塔尔断交风波愈演愈烈，波及到航运业。6月7日起，马士基、中远海运集运、长荣海运、东方海外、萨菲航运等多家船公司已先后明确表示，不再接收进出口卡塔尔货物订舱。
从6月5日开始，巴林、沙特阿拉伯、阿联酋、埃及、也门、利比亚、马尔代夫、毛里求斯、毛里塔尼亚等9个国家陆续宣布与卡塔尔断绝外交关系。这些国家封锁边境，关闭往来卡塔尔的航空、海运和陆地间所有联系。
船舶来自卡塔尔港口，无论是否悬挂卡塔尔旗，无法在上述部分国家中航行及挂靠。巴林宣布，6月6日起，所有港口和领海将暂停往来卡塔尔的海上通航。迪拜的港口运营商DP World也发布公告称，将禁止所有与卡塔尔相关的船舶挂靠迪拜的港口。
卡塔尔位于波斯湾西南岸的卡塔尔半岛上，其西、北、东三面被海湾包围，南部与沙特接壤，与沙特的陆路运输成为进口物资的主要通道。海运方面，进出卡塔尔的货物主要有两条路线：第一条，货物通过中东其他大港中转，如迪拜的杰贝阿里（Jebel Ali）港，然后通过驳船或者陆路转运至卡塔尔；第二条，航运公司直接挂靠卡塔尔的港口，如哈马德港，但这类船舶非常少。
上海海事大学教授徐剑华分析表示，由于卡塔尔本国货运量很小，国际上主流的船东公司都没有直达卡塔尔的主干航线，基本上都是在迪拜等周边国家港口卸货，再由支线航运或陆路转运，周边国家港口拒绝与卡塔尔相关的船舶航行及挂靠，对卡塔尔的航运影响非常大。
几家大型船东公司陆续宣布暂停卡塔尔货物订舱。6月7日，全球最大的集运公司马士基宣布暂停进出口卡塔尔的订舱。马士基称，不少原计划从杰贝阿里中转到卡塔尔的货物都滞留在了杰贝阿里，马士基正积极为客户寻求解决方法。
中远海运集运也在6月7日发布公告称，鉴于目前事态发展的不确定性，为最大限度保护客户利益，从即日起暂停接运卡塔尔流向的所有订舱。所有已上船发往卡塔尔货物，无法确定交付时间，中远海运集运将竭尽全力争取将这些货物运送至卡塔尔的哈马德港。
6月8日，全球第六大集运公司长荣海运和第七大集运公司香港东方海外表示，暂停卡塔尔航运服务。
