尽管马士基认为不断攀升的关税是影响集装箱航运业盈利情况的关键风险，但即将生效的限硫法规给航运公司造成的威胁其实更加严峻，它们不得不艰难地抬升运价水平，以便弥补燃料价格高涨造成的损失。
各个集运公司发布的2018年财务业绩一次又一次地反映出了燃料价格上涨给企业利润造成的影响，货运费率上升和削减成本措施带来的收益大部分都被高昂的燃油费给侵蚀了。目前船用重燃油价格为$428每吨，相比去年同期上涨了21%。低硫燃油价格则为$525每吨。
最初燃料价格从2018年5月开始上涨时，好几家集运公司就在已有的油价调整指数附加费（BAF）之上新添了紧急燃油附加费(EBS)，但这也仅仅只能抵消一部分油价上升给航运公司成本造成的影响。举个例子，达飞公司去年第三季度的单位成本增加了7.7%（$77每TEU），而同期每TEU的平均费率仅仅增至$55。
近期马士基公布了2018年业绩，与2017年相比，去年的平均货运费率上涨了$91每FEU。但与此同时平均燃料定价却上升了33%，相当于增加了$120万（$92 每 FEU）的额外燃料成本。得益于第四季度的改善，马士基2018年全年集装箱总量实现了3.7%的增长，但相比于2017年5.6%的增长仍然逊色不少。其他大型航运公司大部分都尚未发布全年财报，但目前为止中远海运已宣布去年的净利润相比2017年下降了55%，而ONE公司也公布财年第三季度亏损了$1.79亿。
据航运咨询机构Alphaliner一位分析师称，2018年第三季度，十大航运公司其中的九家（第二大航运公司地中海航运未发布业绩）平均经营利润率仅为0.5%，远低于2017年同期5.3%的盈利水平。在这段时间里，全行业总体燃油开销大约在$190亿左右，相比2017年第三季度高了20%。
由于燃油费用通常占据着航运公司一大半的运营成本，等到IMO限硫法规正式生效之后，集运公司的盈利情况将面临严峻的考验。目前航运业清洁低硫油的价格已比重燃油高出了30%，随着今年下半年起低硫油需求升高而重燃油需求减少，它们之间的价差还将进一步扩大。
根据航运公司预测，清洁燃油将给集运行业带来$130亿-$157亿的额外燃油成本。马士基预估的额外成本为$20亿，赫伯罗特为$10亿，达飞为$30亿。好几家航运公司都已修改了燃油附加费方案，以弥补低硫油带来的额外成本，但是鉴于过去航运公司在设定和维持盈利定价方面遭遇的困难，托运商是否乐意支付高昂的油费仍是未知数。
马士基首席运营官Vincent Clerc表示，限硫法规的影响还会体现在托运商与集运公司在主要东西航线年度服务合约的洽谈上。“2018年底我们的运价同比上涨了7%，因此全年收益也好于2017年末。……这意味着合约协商的环境对我们更有利。我们已经完成了与亚洲和欧洲客户的洽谈，签约的运价也符合大环境改善的情况。从5月1日起我们还得完成整个北美市场的业务洽谈。”
鉴于今年跨太平洋东向航线服务合约协商中关于限硫法规的展开状况，所有相关的货主和货代都应注意防范2020年初可能出现的混乱。集运公司已经在公开讨论基本运价与燃油附加费挂钩的风险，这种情况对双方都可能产生灾难性的后果。以星航运总裁George Goldman指出：“我们的最终目标是解除燃油与运价的联系。” 针对这个问题，行业分析师Lars Jensen 指出：“如果航运公司的燃油附加费方案失败了，托运商就会陷入一种困境——如果航运公司突然间损失了$100亿，那么没有了燃油附加费的合约根本不可能具有价值，由此造成的结果就是，合约运价的概念也会丧失意义，然后将会出现实质上的现货市场。”
但是也有一些航运公司仍然采取乐观态度，谈及已经签订的服务合约时，赫伯罗特首席执行官 Rolf Habben Jansen表示：“我们已经看到有很大一部分合约要么接受了我们的方案，要么采取了类似的客户方案，它们最终产生的效果都差不多。”
