受化石燃料冲击的影响，目前部分清洁替代燃料的价格已接近成本。地中海航运（MSC）海事政策与政府事务执行副总裁Bud Darr发布警告称，未来使用的任何替代燃料的价格都将高于过去支出的成本，航运业将不得不支付更高的燃料价格。
Bud Darr表示，考虑到基础设施建设和交付的成本时，燃料价格的涨幅预计将达到当前标准的2至8倍。这是将LNG作为替代燃料的企业的经验之谈，但市场波动或将带来一些潜在影响。在他看来，近期LNG价格飙升意味着生产生物LNG与化石燃料相比具有成本竞争力。
爱尔兰船东Ardmore Shipping的首席运营官Mark Cameron表示，使用清洁燃料使得该公司在市场中“暂露头角”。同时也承认船用燃料价格上涨中包含着一些人为因素。
陆上对燃料的竞争也是航运业之前没有注意到的重要因素。Bud Darr表示，如果将绿色氨作为船用燃料，那么就需要集中全球所有的可再生能源产能。而氨气的生产流程又比较复杂：首先需要通过尚未研发出来的电解槽生产足够的绿色氢气并进行转移，再通过更多的电力和催化剂过程来制造绿色氨，最后通过未知的运输方式将其转移至船舶中。
此外，燃料试点时还需要考虑可能实现的潜在排放。在部分航运业参与者看来，甲醇是目前最合适的替代燃料，它比超低硫燃油更具竞争力，价格低于低硫柴油。但由于市场的持续波动，燃料的定价和可用性随时都会发生变化。
意大利油轮船东Premuda的首席执行官Marco Fiori强调，需要建立一个全新的全球燃料供应基础设施。他指出，即使在今天，安装了脱硫塔的船舶也无法在南美洲采购高硫燃料油。Safe Bulkers总裁Loucas Barmparis补充称，航运的真正问题在于谁为绿色燃料供应系统的开发买单。Bud Darr此前曾表示，成本必须由客户负责。
