马士基航运2016年财报显示，公司全年亏损3.76亿美元（2015年盈利13.03亿美元）。公司亏损的主要原因是运价与2015年相比下降19%。公司营业收入207亿美元，与2015年相比降低13%（2015年237亿美元）。
马士基航运在2016年货量增长9.4%。市场份额在所有航线上均有增长，但最大的增长来自于从欧洲向亚洲的航线上（增长19%），以及从北半球向南半球的航线上（增长7.3%）。在2016年底，马士基航运总运力与2015年同期相比增长9.4%。公司持续严格管理运力，实现较高的船舶配载率。
马士基航运首席财务官皮埃尔·丹内特（Pierre Danet）表示：“马士基航运2016年业绩出现亏损，主要是由于运价下滑了19%。全年业绩并不尽如人意。但另一方面，公司赢得了市场份额，持续降低成本，提升了船舶配载率。马士基航运保持了市场竞争力，同时制定了应对市场挑战的相关战略。这将确保公司继续专注于为客户服务，同时保持市场领先地位并重新扭亏为盈。”
在2016年，集装箱航运需求增长在2%到3%左右，全球集装箱航运运力与2015年相比增长4%。新增运力与退出运力之间的差距创下了近年来的新低。
与2015年相比，马士基航运平均运价降低19%。尽管在2016年下半年市场有所好转，运价仍面临压力，运价水平不可持续。
皮埃尔·丹内特表示：“总体而言，集装箱航运需求增长低于预期。尽管如此，在2016年下半年，由于供需情况有所好转，运价有所回升，市场环境与上半年相比有所改善。”
马士基航运预计全球集装箱航运需求在2017年增长将在2%至4%左右。
皮埃尔·丹内特表示：“尽管我们看到了一些市场好转的迹象，但航运市场仍充满挑战。运价和需求水平仍然处于低位。这也是公司将继续严格管理运力的原因。”
马士基航运将推迟九艘14000标箱集装箱船舶的交付。这些船舶的交付时间将被推迟一个月至一年不等。最后一艘新订造船舶将在2018年底交付（此前计划在2017年底交付）。该决定将对马士基航运的现金流将起到积极影响。
马士基航运有着明确的成本节约战略，公司是马士基集团海运及物流业务板块的组成部分。该业务板块将通过创新和数字化解决方案及服务帮助马士基航运优化产品和客户体验。
马士基航运在2016年12月宣布收购汉堡南美船务集团。本次收购将支持马士基航运的增长战略和在南北向航线的发展。收购完成后的航线网络将带来新的机会，有助于发展新的有竞争力的服务产品，并提升运营上的协同配合。本次收购还需要监管机构的审批，计划在2017年底完成。在此之前，汉堡南美和马士基航运将维持现状，继续各自经营业务。
